Die Ursprünge der Gemeinde reichen bis in die Zeit der Kelten und Römer zurück, wie die Ortsnamen und mehrere wichtige archäologische Stätten belegen. Während der Frankenzeit und des frühen Mittelalters bildeten sich nach und nach die drei Ortschaften Bereldingen, Helmsingen und Walferdingen, die die heutige Gemeinde Walferdingen bilden.

Zusammen mit den beiden anderen Orten Bereldingen und Helmsingen wurde Walferdingen 1843 zu einer eigenständigen Pfarrei und 1850 zu einer eigenständigen Gemeinde. Von 1850 bis 1879 war Walferdingen der Wohnort von Prinz Heinrich der Niederlande, Leutnant seines Bruders Wilhelm III, König der Niederlande und Großherzog von Luxemburg. Von 1946 bis 1966 war Walferdingen eine Garnison der luxemburgischen Armee.